真空冷凍干燥機和普通干燥方法（如曬干、風干、高溫烘干、噴霧干燥）通常都在0℃以上或更高的溫度下進行。干燥所得的產品一般都存在體積縮小、質地變硬的問題，易揮發的成分大部分會損失掉，一些熱敏性的物質發生變性、失活，有些物質甚至發生了氧化。因此，干燥后的產品與干燥前相比，在性狀上有很大的差別。
從哲學上講，優缺同在，一切皆是相對的。真空冷凍干燥機相對普通干燥方法，低溫凍干法具有如下優點：
1、許多熱敏性的物質不會發生變性或失活。
2、在低溫下干燥時，物質中的一些揮發性成分損失很小。
3、在凍干過程中，微生物的生長和酶的作用無法進行，因此能保持原來的性狀。
4、由于在凍結的狀態下進行干燥，因此體積幾乎不變，保持了原來的結構，不會發生濃縮現象。
5、由于物料中水分在預凍以后以冰晶的形態存在，原來溶于水中的無機鹽類溶解物質被均勻地分配在物料之中。升華時，溶于水中的溶解物質就析出，避免了一般干燥方法中因物料內部水分向表面遷移所攜帶的無機鹽在表面析出而造成表面硬化的現象。
6、干燥后的物質疏松多孔，呈海綿狀，加水后溶解迅速而*，幾乎立即恢復原來的性狀。
7、由于干燥在真空下進行，氧氣極少，因此一些易氧化的物質得到了保護。
8、干燥能排除95%～99%以上的水分，使干燥后產品能長期保存而不致變質。
